Les dix-sept volumes de l'Encyclopédie ne laissent pas immédiatement deviner pourquoi cette œuvre a soulevé tant de passions. C'est que cet ouvrage, qui se présente comme un dictionnaire, loin d'être une simple compilation des connaissances, répond à la volonté d'en dresser un inventaire raisonné. Ecartant donc toute Révélation, le philosophe et le savant se donnent pour tâche de poser et de résoudre méthodiquement les problèmes, de faire la somme des connaissances et des techniques, de trouver enfin un point central d'où l'on puisse avoir une vue synthétique: et ce point central, c'est l'homme et non plus Dieu.

La finalité de l'encyclopédie est claire: chaque science y devient, dans son ordre et dans son objet, une science de l'homme.

Le prospectus (1750) signé de Diderot précise l'originalité de la méthode encyclopédique:

En proposant deux sortes d'utilisation (la simple lecture d'un article ponctuel qui apporte des connaissances précises, ou au contraire le passage, par le système des renvois, à différentes rubriques qui permettent une recherche approfondie, les Encyclopédistes soulignent la nouveauté d'un ouvrage qui ne prend la forme d'un dictionnaire que pour la commodité. Le classement alphabétique offre en effet un instrument idéal : non compromettant puisqu'il est arbitraire, mais permettant un bilan précis et surtout la dispersion de l'information dans différentes "entrées", anodines en apparence (n'alertant donc pas la censure). Le lecteur, renvoyé aux articles touchant à la même matière, a la possibilité d'opérer des rapprochements et de faire un choix personnel entre les divers points de vue exprimés.

Dans son discours préliminaire, D'Alembert se proposait deux objectifs : faire un "dictionnaire raisonné", c'est-à-dire un inventaire critique, "des sciences, des arts et des métiers", qui soit en même temps une histoire des connaissances humaines, des liens existant entre elles, et de leurs progrès.

Les conditions et la longueur de la publication ont empêché l'ouvrage d'être systématique. Il reste cependant qu'un idéal commun anima les auteurs, mais que de divergences entre les articles, parfois sur le même sujet! Voltaire parla de "fatras", et Diderot reconnaissait l'imperfection de l'ensemble. Mais c'est cette diversité qui donne à l'Encyclopédie son originalité: œuvre collective, elle est ouverte à tous les courants de la pensée philosophique, sans imposer l'athéisme plutôt que la religion naturelle, ni la doctrine rousseauiste du Contrat social plutôt que le despotisme éclairé. Le système des renvois d'un article à l'autre ne faisait du reste que souligner la confrontation des opinions et permettait également de faire découvrir les multiples applications de principes généraux.

L'influence politique de l'Encyclopédie ne doit cependant pas être surestimée. Les révolutionnaires, dans l'ensemble, ne se sont pas reconnus dans les Encyclopédistes, frange dynamique et éclairée d'une classe sociale possédante qui certes cherchaient un nouvel ordre du monde, mais ne prévoyaient pas son bouleversement.

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